防水问题对屋顶分布式光伏的建设十分重要，主要有以下三点原因：
现有防水寿命短，与光伏电站生命周期不匹配。光伏新能源光伏电站运行寿命通常为25年，而我国当前防水质保期只有5年，实际使用过程中数年即渗漏的现象比比皆是，对于存量屋顶来说，漏水和漏水隐患已成为重要问题。
屋顶光伏施工会影响到原有防水层。当前光伏支架安装工艺多为穿透式，这将对原有防水层造成破坏，打孔处处理不善将造成渗漏。若为金属屋面，则施工过程或导致金属屋面接缝处松动，造成渗漏。对当前屋顶光伏主要应用的工厂厂房而言，一旦漏水严重会使得厂房营业停业，造成经济损失，故厂业主通常更关注防水。
房屋漏水将极大影响光伏电站运营。漏水将使得光伏电站暂停运营甚至全部拆卸以做防水修缮，将造成较大经济损失。不使用防水方案或可加快短期回报，但因电站运营寿命较长，若因漏水中断做修缮，则将对长期的投资回报水平造成较大影响。
防水对于屋顶分布式光伏建设的重要性
防水设计是光伏屋面工程中必不可少的一环。秉承着“以排为主，防排结合”的屋面防水方针，光伏屋面防水设计应根据建筑物的使用性质、重要程度、区域环境和使用功能要求，合理选择材料及构造。
屋面防水工程总体可分为三类，结构防水+防水层对应最高防水等级。总体来看，屋面防水工程按从下到上的结构可以分为：防水垫层、结构防水层以及防水层。
其中，结构防水层一般是指屋面基层结构本身即带有防水性能，例如带有导水槽的金属屋面，而防水垫层和防水层一般两者选一即可。
防水垫层是指金属板复合板中间或瓦片下方的辅助防水材料，用于坡屋面防水，可视为结构防水中的辅助构造层次，而防水层是指铺设或喷涂在屋面结构上方的防水卷材或防水涂料，不仅可以用于坡屋面也可以用于平屋面，既可以用于复合复合金属板屋面也可用于单层金属板屋面。尽管防水垫层和防水层只需要选择一个即可，但由于材料的限制，防水层+结构防水的防水性能要高于防水垫层+结构防水。
针对光伏屋面防水设计，光伏组件防水屋顶常规做法包括打胶，铝箔胶带粘接，彩钢瓦衬底，定制导流支架，定制组件边框，BIPV专用构件等。根据不同金属屋面类型，系统防水层一般选用卷材防水和涂膜防水两大类。
其中卷材防水主要采用：丁基胶条、SBS改性沥青卷材、PVC、TPO等高分子卷材；涂膜防水主要采用：聚氨酯类、丙烯酸类、橡胶沥青类、氯丁橡胶类、有机硅类防水涂料以及其它防水涂料等。